Огромни щети върху крехкото равновесие на кораловите рифове нанасят тропическите урагани. Немалка вреда нанасят и други природни фактори, в това число периодичната свръхпопулация на морската звезда трънен венец, хранеща се с коралови полипи. В началото на 1980-те години тези хищници нанасят силни опустошения върху Големия Бариерен риф.

В наши дни кораловите рифове страдат предимно от дейността на човека, включително и от масовия туризъм. С развитието на туристическата инфраструктура неизбежно се замърсяват прибрежните морски води. В тази връзка акваторията на Големия бариерен риф е разделена на шест зони на достъп. Най-строго охраняваната зона е предназначена за научни изследвания. Най-разрешената зона е за общо ползване, включително тралене и умерена експлоатация на природните ресурси. Поради силната уязвимост на екосистемите е забранена всякаква дейност за търсене и експлоатация на нефт и газ, а също и каквато и да е търговска дейност със и без акваланг.